آلفاهرپس‌ویروس گاوی نوع ۱ (BoAHV-1)، عامل رینوتراکئیت عفونی گاو (IBR)، از عوامل بیماری‌زای مهم گاو است و واکسن‌های نشانگر فاقد گلیکوپروتئین E (gE منفی) به‌طور گسترده برای کنترل بیماری و تمایز دام‌های آلوده از واکسینه (DIVA) به کار می‌روند. ساختار ژنومی یک سویه نوترکیب که پیش‌تر ساخته شده بود، فراتر از جایگاه هدف gE/lacZ، تاکنون در سطح کل ژنوم بررسی نشده بود.
پژوهشگران مؤسسه ویروس‌شناسی و نوآوری‌های فناورانه (IVIT، وابسته به INTA-CONICET) در هورلینگام آرژانتین، توالی کامل ژنوم سویه والد لس‌آنجلس (LA) و دو پاساژ از سویه نوترکیب BoAHV-1ΔgEβgal را تعیین کردند. افزون بر این، مساحت پلاک‌ها در سلول‌های اولیه کلیه جنین گاو با اندازه‌گیری‌های یک دور آزمایش به‌صورت توصیفی ارزیابی شد.
علاوه بر جایگزینی مورد انتظار جایگاه US8/gE با یک کاست بتا-گالاکتوزیداز، پژوهشگران یک حذف ۳۷۰۴ نوکلئوتیدی را در ناحیه US شناسایی کردند که پیش‌تر توصیف نشده بود. این حذف، توالی‌های رمزکننده کامل US1.67، US2 و US3 و نیز بخش ۵′ ژن US4/gG را از بین برده بود. آزمون‌های PCR و توالی‌یابی سنگر محصول تکثیرشده‌ای که نقطه شکست را پوشش می‌داد، محل اتصال را به‌دقت نقشه‌برداری کرد.
حاشیه‌نویسی مقایسه‌ای نشان داد ژنوم والد ۷۴ توالی رمزکننده ویروسی (CDS) داشت، در حالی که ژنوم هر دو پاساژ واکسن ۶۹ توالی رمزکننده داشتند. در آزمون پلاک، میانگین مساحت پلاک پاساژ یازدهم (p11) ۶۸٫۸ درصد کمتر از سویه والد LA بود.
به گفته پژوهشگران، این یافته‌ها یک تغییر ساختاری ناخواسته را در یک سویه واکسن نوترکیب که پیش‌تر ارزیابی شده بود مستند می‌کند و نشان می‌دهد توالی‌یابی کل ژنوم چگونه می‌تواند با شناسایی تغییرات خارج از جایگاه مهندسی‌شده هدف، مکمل تعیین ویژگی مولکولی هدفمند باشد.